Pour chaque combat du mode Scénario, vous devez remplir un certain nombre de conditions de réussite (elle vous sont indiqués lorsqu'il y en a). Les lieux où se rendre sont indiqués en gras. Suivez scrupuleusement notre guide afin de ne pas avoir de problème pour débloquer par la suite Jutsus et personnages bonus ( en cours de scénario, évitez donc d'effectuer des missions et surtout de parler à d'autres personnages)...
Après une séquence d'introduction, Naruto doit combattre son maître Jiraya afin de valider son entraînement. A l'issue de sa victoire, Naruto gagne 50 points d'expérience (XP) et Jiraya est désormais accessible en mode Versus. Vous êtes alors libre de vous balader dans le village et de faire plusieurs choses par l'intermédiaire de la touche Start : sauvegarder, aller chez Naruto ou personnaliser votre combattant. Attention; si vous voulez bénéficier de cette dernière possibilité, vous devez impérativement avoir 100 XP en stock pour augmenter d'un cran l'une des six capacités du personnage (Attaque, Défense, Chakra, Vitesse, Résistance et Outils). Pressez deux fois de suite la touche Carré pour afficher la carte de la zone avec les lieux où vous devrez vous rendre pour effectuer des mission ou pour continuer le scénario. Rendez-vous ainsi au point orange, le terrain d'entraînement, et allez parler à Hinata Hyûga (celle-ci devient ensuite disponible dans le menu Personnaliser). Vous voilà automatiquement transporté au c½ur de l'examen de Chunin afin d'affronter Neji Hyûga. Utilisez souvent l'attaque Avant, Avant+Rond. Vous gagnez ensuite 50 XP et Neji, Rock Lee ainsi que Tenten deviennent accessibles dans le menu Personnaliser. Vous incarnez ensuite Shikamaru face à Temari. A l'issue du combat, Shikamaru gagne 50 XP et devient accessible dans le menu Personnaliser (tout comme Chôji Akimichi et Ino Yamanaka). Dans le combat suivant, vous incarnez Sasuke Uchiwa face à Gaara (une technique Chakra est très facile à placer). Sasuke remporte 50 XP après sa victoire. Sauvegardez ensuite la partie. Après une cinématique, vous interprétez Sasuke face à Temari. Il faut la vaincre en 60 secondes maximum (usez d'attaques en cours de saut). Sasuke remporte ensuite 50 XP. Après une autre cinématique, sauvegardez la partie. Vous êtes à présent Shino face à Kankurô. Sautez sans arrêt, lancez des objets et usez de l'attaque Colonne d'insectes. Une fois la victoire obtenue, Shino obtient 50 XP et devient accessible en mode Personnaliser (comme Kiba Inuzuka). Ensuite, vous vous retrouvez dans la peau de Hokage le 3ème et devez vaincre Orochimaru, en usant d'une technique secrète de niveau 3. Faites des contres au bon moment pour vous retrouver dans son dos lorsqu'il vous frappe. Pensez à recharger votre Chakra quand il chute. Brisez sa garde avec Bas+Rond. Continuez pour l'affaiblir au maximum, puis déclenchez une attaque de Chakra de niveau 3 pour l'occire d'un seul coup. A l'issue du combat, Hokage le 3ème gagne 100 XP et devient accessible dans le menu Personnaliser. Plus tard, vous dirigez Naruto face à Gaara, que vous devez vaincre lorsqu'il est en état d'"Attaque puissante". Ne vous en préoccupez pas, car il se met dans cet état automatiquement : pensez plutôt à lui envoyer des projectiles, à vous protéger et à briser sa garde. Après la victoire, vous remportez 100 XP et les personnages Gaara, Kankurô et Temari se retrouvent disponibles dans le menu Personnaliser. Pour terminer, sauvegardez puis débutez le second chapitre.
